因为小规模纳税人的收入征税以增值税方式实施，因此，公司开具的服务费发票增值税税种认定是有影响的。如果发票上的增值税税种认定不正确，会导致纳税人在缴税认定中发生问题，严重的可能会面临税务部门的处罚。因此，小规模纳税人在开具服务费发票时，一定要正确确定增值税税种，以免产生不必要的纳税责任。此外，小规模纳税人还要注意，本身应该属于现代服务收入的，不可以归类为商业收入，以免发生认定失误，导致不正确的税种认定，从而影响纳税。拓展知识：小规模纳税人在开具发票时，有可能遇到认定税收分类货物和劳务的问题，这时候需要根据《增值税分类税目表》确定服务费属于哪种税目，以便进行正确的税种认定。