是的，您可以抵扣农民合作社的普通发票。税务登记计算机系统中，普通发票与增值税专用发票一样，都可以抵扣税收，只要本发票的填开与税务机关的要求相符，本发票的内容是真实的，发票持有人是发票的供应商，发票使用合法，发票上的税额全部交付给国家。另外，您在使用免税普通发票时，要注意勾选“本发票免税”一栏，以便于税务机关核销使用。 此外，一般纳税人有抵扣税收的优惠政策，例如可以把计税前收入中的一部分抵免税收，还有一部分可以免征某些项目的税收。但要注意，参加抵扣税收优惠政策的企业要依法合规经营，参加抵扣税收的项目要选择合理，以免造成不必要的财务损失。