公司Logo的设计费和商标注册费应该记入公司的费用项目中，可以在经济费用项目中的“研究与开发”、“项目开发费”等项目中记录。为了保证费用的准确性，最好通过财务部或者财务管理部记录公司Logo设计费和商标注册费。拓展知识：商标注册是指商标主体申请指定商标主体注册保护商标所进行的活动，其目的是为了保护商标使用权，以及为商标的使用者提供依据。商标注册可以对商标形象起到一定的保护作用，提高商标的知名度，而且可以为企业带来更多的利益。