根据《营业税改征增值税暂行条例》第十四条的规定，发票勾选的平台的通行费发票应该填列在申报表二的“本期用于抵扣的旅客运输服务扣税凭证”栏次中。因为通行费是指现金支付或者符合规定的非现金支付方式取得的经营所得，属于旅客运输服务所得，是可以抵扣税负的项目。只有用于抵扣当期税负的扣税凭证，才可以填写到此栏次中。而“本期认证相符且本期申报抵扣”栏次是用来填写认证资料，和发票勾选的平台的通行费发票没有任何关系。 此外，旅客运输服务扣税凭证中，除了发票勾选的平台的通行费发票，还有旅客运输企业出具的货运代理协议、旅客运输服务发票、运费收据等也可以填列，但是必须得符合《营业税改征增值税暂行条例》等相关规定的标准。