A公司的账务处理方法与工程是否完工有关，如果工程还未完工，A公司在收到B公司100万元账款后，应将此款转入“未完工收入”科目，发票在此科目中进行认证，以此来证明此款项的收入来源及税收方面的正确性。如果工程已经完工，则应将此款项转入“销售收入”科目，发票也会在此科目下认证，以此作为销售收入的证据。 拓展知识：增值税专用发票是指由地税局统一发放的，专用于核实纳税人进行货物或应税劳务销售交易并计算应缴增值税的发票，其中包含了货物或劳务的税额，销售金额等内容。因此，使用增值税专用发票，可作为核实企业收入及支出、计算应纳税金额等方面的重要依据。