在个人与公司签订清运合同的情况下，由另一个人代开发票，款项应该支付给个人。倘若公司有指定银行账户，可以将款项支付给该账户；另外，也可以考虑将款项直接支付给个人账户，需要被支付个人提供账户信息，由双方友好协商并详细确认支付细节。 拓展知识：当个人与公司签定清运合同时，对于清运费用问题，可以通过货到付款、款到发货等模式进行费用结算；也可以采用先付款、保函等模式，由两方协商选择最合适的方式，以保证合同双方财务及货物安全。