超市代供应商扣员工工资，应当在其财务账目中做出相应记录，以便清晰明了地跟踪费用。首先，你应该在供应商的账户中增加一定数目的负值，以表示供应商现有扣除的资金情况。其次，应当增加相应的“支出”类型的账户，记录该扣除的资金金额及相应的记账时间。最后，还应记录员工的工资和缴纳的信息，以有助于供应商的财务核算。另外，拓展知识，供应商应重点关注国家有关费用发放的具体要求，并准确记录支出，以免出现财务纠纷。