小规模公司可以使用物流单子进行账务处理，但是需要遵守一些法律规定，以及税务机关的要求。因为小规模公司可以以物流单据做账，但是必须要有税务部门的认可和相关的规定。物流费用发票必须体现物流企业的真实名称，并且写明物流费用的具体金额，以及发票的准确额度。另外，物流票据在有效期内未能开出发票的，小规模公司可以向税务部门提交相关凭据，并等待税务部门审核并开具发票。物流单据可以作为免税费用的有效凭据，但是不能作为发票使用。 此外，小规模公司还要充分考虑合同管理，科学处理运输条款及物流服务的计费标准，主要是为了保护自己的合法权益，小规模公司也要注意与物流企业签订合同，全面了解物流企业服务和条款，并明确将权利义务分配给物流企业，以便在面临争议时作为能够保护自身权益的有效依据。