企业申报个税时，有多处任职的两个员工的风险，会计应该从核实税额、填写报表等方面着手处理。首先，要核实员工的个人信息，比如身份证、学历、学位等；其次，要核实员工的受薪收入，准确计算应缴纳的个税；最后，填写报表时要仔细核对，避免任何遗漏。 提示员工，则应在会计合理审核完之后再提示，以免给员工带来不必要的担忧和麻烦。如果发现存在个税异常，要及时发出警示，并准确指出不同分部和职位的税收优惠政策，让员工能真正清楚自己的职责范围和社会责任。 此外，会计应当了解有关法律法规，比如《个人所得税法》、《个人所得税暂行条例》等，能够更好地了解不同职位不同分部的税收优惠政策，及时更新报表等，从而让员工不会受到不必要的影响。