应该在实际结算的基础上，先扣减中标工程税率9，然后再实际结算3,也就是说，应该扣减工程款。 中标工程税率是由政府规定的，作为中标者，必须扣除相关的税款，但是也有一个特殊情况，就是在实际结算的时候，若中标者只缴纳3，那么可以不扣除中标工程税率9，此种情况只有在实际结算额较低时才得以实现。 另外，还有一些拓展知识，比如，在一些特殊情况下，政府可能对中标的工程税率给予一定的调整，比如，中标工程税率降低至6，那么可以在实际结算3的基础上，扣除中标工程税率6，而不是9。综上所述，总结起来，是否应扣减工程款，应该要根据不同情况具体分析，最终决定。