员工报销医药费应该进入应付账款科目。在制定有关报销的规定时，应将医药费报销作为其中的一个内容。在报销的时候，需要准备相关的费用清单，费用收据，报销申请单，以及医疗机构的处方等资料，以便公司可以审核并将费用进入应付账款科目中。 拓展知识：报销医药费还要注意报销的费用应该属于自费或保险费用，根据不同情况准备不同的资料，若是保险费用，需要提供双方签字并盖章的保险单据进行报销。