根据《发票管理办法》的相关规定，采购合同中包含的施工，分开开票和都按照13个点开票各有利弊。 优点：分开开票可以明确施工内容与其它采购内容的划分，因此，也易于后期税收抵减使用，便于把握税收优惠类别和金额；另外，便于建立一个完整的发票和材料使用记录，以及更好地把控领料流程，实现甲方与丙方财务分离。 缺点：一方面，如果按照13个点开票，则可能会引起客户的纳税负担过重的问题，因为不同的客户会有不同的税率；另一方面，不同的施工单位如果分开开票，则可能会导致施工结果及发票记录不易把握，影响财务核销和报表等后续工作。 总结而言，应根据发票使用和客户的特点决定是否分开开票，择优而行，以更好地满足两方的需求。拓展知识：发票的使用还有发票的记账和冲红，发票与金蝶及支付宝的联系，以及发票报销的注意事项等，都要正确的处理，以免影响税收的优惠政策。