您公司与代理公司签署的付款协议需要按照协议约定的付款方式付款，您公司是否可以将款项直接拨付给代理公司指定的委托公司账户，则需要代理公司给您公司出具一份委托代付款协议书，以确保代理公司有足够的权限在公司账户上支付付款，以及您公司的支付是否与协议内容一致。一份完整的委托付款协议书，通常包括以下几个方面的内容：一、委托方的基本资料，二、收款方的基本资料，三、付款的基本信息，四、付款规则，付款方式以及条件，五、付款担保，六、账户管理，七、终止及解除协议，八、签署标志及协议文本，九、其他补充内容，等等。另外，在代理公司出具委托付款协议时，您公司也要仔细核实，确保所有内容均反映协议约定的付款方式，以及您公司的合法权益得到维护，以保障自身的合法权益，防止出现经济纠纷。