分公司独立核算和非独立核算的区别在于会计处理方式的不同。分公司独立核算是指企业以分支机构的名义在特定地区开展生产经营活动，在该分支机构的账簿中独立核算，但其账务处理仍由总部进行。此外，分支机构合并统一缴纳所得税。 非独立核算是指企业在某一特定地区开展经营活动，但未使用分支机构，此时所有经营活动仍由总部负责，其账务处理也由总部进行，但无需合并统一缴纳税款，而是由各分支机构单独缴纳税款。 至于跨市的独立核算企业所得税是否需要合并缴纳，根据财政部关于企业所得税的相关规定，跨地区的单一独立核算企业，包括跨市的企业，需要合并缴纳企业所得税。 拓展知识：除了独立核算与非独立核算，还有一种称为综合核算的会计处理方式。综合核算是指企业在某一特定地区开展经营活动，但未设立分支机构，此时的账务处理则是在总公司的账簿中综合核算，即总公司将全部经营活动的收入、支出、折旧等会计指标全部进行统计，但不合并缴纳所得税。