水利基金是按照不含税交还的。水利基金是由国家、省、市和县等行政机关从企业、事业单位、个人和民间团体等各种收入之中扣减而建立的一种固定的财务资金。其中，汇缴水利基金的实体主体，通常是国家行政机关、财政专户及一般性财政收入头寸，其中不含税收入。 在水利基金收入的管理方面，也有一定的规定，其中最主要的是收入的不含税交还。这是为了使政府更容易掌握收入的总情况，从而了解各方面的财务收入情况，从而达到解决财政收入不均等等问题。不过，随着时代的发展，这些情况可能会逐步扩大，不含税收入会有所改变，所以政府还是会随时调整水利基金的收入情况。 拓展知识：水利基金的运用，一般都是政府根据国家各种政策、水资源开发建设及节约保护等方面的发展需求，对水利基金筹资使用要求进行科学审慎的规划，分类按用投入到水利建设和水资源保护项目。这样一来，可以有效确保水利基金收入不断增加，并能够更好地服务于实施水资源管理及可持续发展的策略。