在合同中有约定品质保证协议，如果甲方品质判定不良，应该发给乙方一个处罚通知函，如果乙方未在通知函中约定期限内回复，那么甲方可以直接做扣款处理。但是，最好在处理之前，还要考虑双方合同条款是否有禁止甲方直接做扣款处理的规定。如果有，则需要准备好能够支持甲方做扣款处理的证据材料，并可以提前和乙方协商，在进行扣款处理之前，先签订关于扣款事宜的补充协议，这样在甲方进行扣款处理时，乙方就不可能提出异议了。拓展知识：此处可以引入商法学中合同中的效力问题，根据《合同法》规定，只有当合同具有足够的经济价值，当事人之间有实质性的交换，才可以构成有效的合同。