高速公路电子普通发票的抵扣税额是按照国家税务总局相关规定计算的。总的来说，公司需要把收入、成本和费用列举出来，统一计算出发票小计和税额，最后得出抵扣税额。 抵扣税额=（应纳税额-已交税额）/（1+税率）×税额 拓展知识：高速公路电子普通发票包括以下两种：一种是增值税普通发票(征收税率为3%，6%或者更高的税率)，另一种是交通运输业税收专用发票（征收税率为3%）。