如果代理记账公司没收到客户寄来的进项票，但是已经认证抵扣了，那么应该先保留客户发票的凭证，并建立与客户的确认书，确认书盖章之后，就可以正常进行做账操作，同时在凭证及确认书上标明缺少发票，确认书上应有客户确认该发票已认证抵扣。在做账操作中，可以通过确认书和记录来实现该发票的抵扣，具体操作流程如下： 1. 依据客户确认书中记录的金额和税率，录入到代理记账软件中； 2. 在客户凭证中标明缺少发票； 3. 在录入的做账凭证中，加入发票缺失的文字说明，如“发票缺失”等； 4. 在应付票据抵扣凭证中，按客户确认书记录的金额及税率录入； 5. 在录入的做账凭证中，加入发票缺失的文字说明，如“发票缺失，根据客户确认书确认发票已认证抵扣”。 拓展知识： 认证抵扣是指企业可以通过认证的发票来抵扣缴纳的税款，即购买方凭发票副本就可以抵扣税款，缩短企业的资金周转速度，提高企业的效率。认证抵扣系统是政府的一项重要措施，可以大大减轻企业的负担。