答案是肯定的，甲公司仍需支付尾款。若甲公司将设备转让给乙公司，乙公司有义务支付所有设备货款，不管付款进度是否到90%，乙公司须另行付清货物货款。乙公司支付的货款用于抵消甲公司交付货物货款，但是不包括尾款，因此甲公司仍需支付尾款，以完成货物货款。 此外，一旦甲公司转让设备给乙公司，甲公司就背负了与设备质保期相关的责任。因此，在质保期内，任何问题由甲公司承担，乙公司都不需承担责任，不管货款支付到多少程度。此时,乙公司仍需支付尾款，否则支付的货款不算完成购买全部设备的货款。 总而言之，无论乙公司是否已经支付货款到90%，乙公司仍需支付尾款，否则甲公司将不能完成货物货款支付，也不能满足设备质保期的责任要求。