根据中国人民共和国《企业所得税法》，个体工商户开具的发票，需要缴纳应纳税额的3%的企业所得税。据此，开一百万的运输发票，需要缴纳的企业所得税为30万。 但是，在征税时会存在一些豁免、减免政策，所以最终实际需要缴纳的企业所得税可能要比30万要低。例如，国家有关部门规定的小型微利企业的企业所得税税率是15%，实际上此时则需要缴纳15万的税款。 此外，还有其他一些所得税豁免、减免政策，例如所得税节余金额，投资周转金等，实际上最终需要缴纳的税款可能更低。 总之，个体工商户开100万的运输发票，可能需要缴纳企业所得税，但最终缴纳的金额可能会减低，取决于具体的豁免、减免政策。因此，要确定最终需要缴纳的税款，建议向税务部门咨询，获取最终的税收解释。