一般纳税人公司在购进农产品直接从农民手中收购时，没有进项发票，想要抵税也是有办法的。首先，企业应当建立农产品购进台账，台账应当记录购买数量、质量等，同时可以提供买方凭证，如收据、购物清单等；其次，购买农产品时，企业可以为农民出具发票，记录购买时间，方便以后购买进行核算。最后，企业可以缴纳保险费，并留存发票，事后可以抵税。拓展知识：企业在日常经营中可以申请“农业收入税收减半”，减半计算在纳税日内收入，减半计算的增值税税额不超过当月的二十五万元。