一般来说，公司应该向税务局申请代开农产品收购发票。比如，公司可以向当地税务局申请代开发票，并提供准确的申请书和发票开具资料，如农产品收购订单及收购费等。税务局会根据公司提供的资料，进行审核并决定是否承担发票开具的责任。另外，农民也可以到当地税务局中提出申请，申请代开农产品收购发票，但是有时候可能会遇到一些拒绝的情况，所以最好的方式就是有公司将其申请拿到税务局审核。 拓展知识：税务局不仅开具农产品收购发票，还可以开具其他类型的发票，如增值税发票，普通发票等。此外，税务局还有权管理和检查发票的使用，以防止发票被伪造或利用非法发票节省税费。