根据国家相关的税法和劳动法规定，工资发放中扣除员工工资的科目一般有社会保险金、个人所得税、住房公积金等。具体的科目设置受各种规定的约束，一般企业会根据当地的税务部门提供的发放标准，来确定扣除工资的科目。一般情况下，扣除工资的科目包括：社会保险金，又称社保，是指一定比例从工资中抽取的费用，这些费用一般用于覆盖社会保障费用；住房公积金，是指公司和劳动者双方各自缴纳一定比例的金额，用于住房购置等；个人所得税，是指根据个人收入差异计算出的抽取费用，专指向国家缴纳的个人所得税。 在确定扣除员工工资的科目时，企业应根据当地的税务部门的标准规定来确定，这是有必要的，也是科学的。另外，企业还需要根据当地有关法律法规，通过税务部门的指导，确定员工工资扣除的科目，避免因税务行为而产生违法影响。拓展知识：现行税法规定，企业应当依照有关规定缴纳个人所得税，个人所得税是一项居民按相应标准支付的财政收入，一般是按劳动收入所得的营业收入，股息、利息、财产转让所得等收入均有可能产生个人所得税。