在劳务发票给对方公司的情况下，员工的个人所得税是由雇主承担的。雇主可以允许员工缴纳个人所得税，但责任是雇主的，他们必须定期向税务部门缴纳个人所得税。税法规定，雇主必须按月向国家税务部门报税，税务部门会根据当月雇主支付给员工的薪酬等计算应缴纳的税款。 拓展知识：员工不仅应向税务部门缴纳个人所得税，还应向社保基金支付五险一金（包括养老保险、医疗保险、生育保险、工伤保险、失业保险以及住房公积金），这些费用也是由雇主支付的，但是雇主可以要求员工一部分承担。