快餐店的免税金额为三万，但是发票开超额了，但是并没有扣超额的税费。这是因为发票没有统一的发票准则，有些商家也有可能不管开超额发票都是按照三万元免税，这也是发票存在漏洞的地方，所以只能按照免税金额来申报税费。另外，税务部门也会按照税收管理条例，有时会深入核实有可能存在超额发票税费的情况，如果有发现一定会给予处理。 拓展知识：此外，我国税收还设定了“集中发票制”，即发票金额超过某一定额度时，必须按集中发票制，申报税费，以便协助税务部门完成监管工作。例如，工商注册登记的价款超过10万元时，必须按集中发票制开具发票，而不能拆分开具多张发票的。同时，也要注意核查发票的真伪，以免发生发票造假等违法行为。