第二季度城镇土地使用税已申报扣款未入账，首先需要检查是否已经正确提交申报资料；如果资料正确提交但是还是未入账，可能需要确认是否已经正确到帐，即查询税款银行的到账情况；如果银行方面也没有成功入账，可以考虑联系当地税务局进行咨询，了解进一步的扣款情况；此外也可以拉取上季度和本季度的申报对比，以及纳税情况，确认是否出现了新的申报情况，以确保最终申报的精确性及完整性。拓展知识：城镇土地使用税是指在城镇及其他成熟地区使用土地和建筑物时，依法向财政部门缴纳的税收。城镇土地使用税是按照土地使用权的实际价值，根据国家和地方税法、委托法规定的税额税率，计税征收的税收。