自然人控股的公司转让土地时，会涉及到征收的税种有印花税，增值税，土地增值税和契税。 印花税是一种商品交易税，主要是收取以纸质凭证载明的交易行为来征收的税收，自然人控股的公司在出让土地时，应该缴纳印花税。 增值税也称为营业税，是指自然人控股的公司出让土地时，收取土地所得收入缴纳的税款，增值税是全国统一的税种。 土地增值税是指自然人控股的公司出让土地时，对于土地的增值部分应纳税的税款，增值税税率在5%~20%不等。 契税也称不动产税，是指自然人控股的公司出让土地时，应当缴纳的不动产买卖所得收入税，根据不同地方的规定，其税率在3%~5%不等。 拓展知识：土地转让金额除了需要交纳上述税收外，还需要缴纳土地使用税和土地交易税。土地使用税是指土地使用权的转让应当缴纳的税款，根据不同的地方规定，其税率在0.1%~5%不等；土地交易税是一种政府收取的消费性费用，是针对土地交易行为的一种税收，根据不同的地方规定，土地交易税的税率也在0.1%~5%不等。