是的，合伙协议可以写明有限合伙人在被投资单位B的间接持股情况。一般而言，当A公司投资购买B公司的股份时，A公司将在B公司股权中持有一定比例的份额，以及受该份额影响的收益和股份有效性。此时，A公司成为B公司的间接股东，B公司成为A公司的受投资单位。因此，合伙协议中就可以写明A公司的有限合伙人在被投资单位B的间接持股情况。 另外，合伙协议还可以规定A公司间接持股比例、以及投资利益分配、参与管理和经营权以及出资比例等情况。此外，合伙协议中还可以写明投资期间和出售投资期间的动作、金融管理以及其他可能发生的争议等情况。通过规定上述情况，既可以保护投资人的利益，也可以保护投资期间可能产生的风险。