关于在深圳公司以公司名义在东莞购买房产的入账，应遵循《政府预算收入管理办法》等相关法律法规，经双方签订买卖合同，由深圳的公司支付房产的价款，以及东莞的公司收取房产的价款，以及合同记载的相关税款，都应该按照税务管理条例，即《中华人民共和国税收征收管理法》的要求以及所在省市（深圳和东莞）的相关税收监管条例，向税务机关申报、报税缴纳相应的税款，包括个人所得税、企业所得税、营业税等税种。 此外，应当充分利用合同内容，及时申报按相关税务规定应当缴纳的其它税费，如增值税、营业税和消费税等，以及投资企业所得税等，以确保当事人的各项税收利益。 拓展知识： 在深圳和东莞购买房产的一般税收申报原则是，应当按照实际付出的价款或者抵付的欠款、转让价款及税后收入为基础，申报缴纳各项税款；同时，应当根据以上税收的执行程序，进行有效的税务管理，留恋当事人的房地产投资收益。