由于A公司总承包了B公司的工程，包工头林某分包了该工程，A公司应按照工资报酬管理办法确定农民工的劳务报酬，并开具劳务报酬发放票据，B公司代发包工头那里的农民工工资，那么A公司应该申报农民工的工资。 一般情况下，A公司应当将履行劳动合同的农民工的姓名、工资金额、发放时间等信息，以及本公司的统一社会信用代码和单位名称，出具申报表，报送给与本单位签订劳动合同的农民工工资申报单位，申报缴纳社会保险金。 拓展知识:申报农民工工资时，除发放工资外，A公司还应按照社会保险法相关规定，按照上一年度社会保险缴费基数缴费，为本公司及该劳动者分别缴纳工伤保险（国家另行规定的情况除外）、生育保险、大病保险、养老保险等社会保险费，并实行办理个人社会保险手续及报销社会保险费用。