建筑工地损坏机器赔偿款应当从工资里扣除。首先，可以将损坏机器赔偿款分开记录，一般在财务科目中可以分为“损害生产设备款”科目。具体做账的方法如下： （1）建立损害工地机器款科目，记录机器具体的损坏，并核实损坏的具体情况，明确其赔偿的金额。 （2）在财务账单上记录损害机器款的费用，一般记入费用科目。 （3）在工资卡上分开记录，并根据员工相应负责程度，根据赔偿金额从工资里相应扣除。 （4）在财务科目中记录扣除的费用，一般统一记入“工资支出”科目中。 （5）最后根据相关法律法规确定最终赔偿金额，完成赔偿款的做账。 拓展知识：在建筑工地上，记录管理和支出的最主要的账务科目包括：支出科目：机械租赁费、人工工资、工程材料、工程费用等；收入科目：工程收入、材料收入、奖金收入、借款收入等。