进出口公司的报关单一票金额两万，但是对应的进项只有1.4万，首先要检查报关单和进项有没有出入。如果确认无误，根据规定，退税应仅以实际发票金额为准，即只能退1.4万元。而两万减1.4万差额六千元，应当作为下期抵扣，具体分录： 报关单税额应退款 xxx 应交税费科目 xxx 应交税费科目 报关单税额应退款 xxxx 该笔交易应由报关单税额应退款（减）和应交税费科目（加）相对应，以实现下期抵扣的目的，避免涉及钱款转移。 此外，关于报关退税，还有一些其他注意事项，如：报关单的完整性应当被严格审查，以保证税务赋税正确；应根据具体情况确定报关退税期限；报关单应当与发票保持一致，以确保报关数据的准确性。