设置部门辅助核算是会计中非常重要的内容，用于分析和控制机构各部门的内部成本管理、报表编制以及财务经营活动的效果。设置部门辅助核算的一般科目可以分为两类：一类是费用类科目，用于记录各部门的支出成本，其中包括基本科目职工薪酬、差旅、业务招待、折旧、维修等；另一类是收入类科目，用于记录各部门的收入成本，其中包括基本科目业务收入、外包收入、投资收入、罚款等。 设置部门辅助核算还要考虑其他一些特殊科目，比如：资产类科目，用于记录各部门负责的资产，其中包括投资、拆借等；负债类科目，用于记录各部门承担的负债，其中包括借款、应交税费等；内部调拨类科目，用于记录各部门之间的资金调拨，其中包括向材料库调拨、向备品库调拨等。 实际应用中，根据企业的实际情况，可以根据营业范围、生产工厂、经营地域、企业规模等条件来设置部门辅助核算，以更加精准地分析企业财务状况。此外，还可以通过设置虚拟部门，以及设定回佣、国内外行政费用等特殊科目，进一步增强部门辅助核算的完整性和针对性。