行政事业单位资产管理系统折旧期末和期初对不上可能是由于以下原因：1.资产管理系统中的数据有误；2.资产管理系统中的折旧计算有误；3.资产管理系统中的折旧计算期间有误；4.资产管理系统中的折旧率有误；5.资产管理系统中的折旧金额有误；6.资产管理系统中的折旧计算方法有误。您可以通过检查资产管理系统中的数据、折旧计算、折旧计算期间、折旧率、折旧金额和折旧计算方法来查找差额。