首先，抹零的来源是什么？要是是客户支付的，那么可以根据客户的要求，将90元抹掉，做一张5万元的支付发票。要是商户抹零，那就需要将90元作为营业成本，在商户的财务系统里进行核销，以确保合法合规。 税务上来说，商户单方面抹去90元，会影响税务申报的准确性，当然也可以找税务部门进行咨询，有一定的补偿方法，不过保证发票准确性还是有一定的必要的。 拓展知识：使用发票有一定的税务风险，发票的管理需要谨慎，以防出现重复发票、水单发票、抹零发票等情况，以防止影响政府税务收入，以及企业税务合规。