对于总公司代分公司付款，对方开具发票是分公司名称，总公司可以入账的情况，主要要看发票的内容是否能够证明这笔费用是用于总公司的生意活动。如果发票明确指出是用于总公司的生意活动，那么总公司可以入账。但是，由于有许多其他因素，比如公司政策等，如果总公司有任何其他特定要求，那么可能还需要经过证明或审核，才能被入账。 税务知识拓展：当一家公司代表其他分公司付款时，它所支付的税款不应该由原始分公司所承担，而应由代付公司承担。根据税收规定，如果以上款项被人所支付的税收属于从代付公司支付的税收，那么代付公司应该对此开出专用发票，而不应该由原始分公司开出发票。