在公司签订拆除旧电梯收购合同时，如果约定款项不支付对方，而是直接从安装电梯合同中扣减费用，首先应确认安装电梯合同是有效的，并确定其费用及拆除旧电梯的价格是合理的，拆除旧电梯的价格不应过低，这样才能确保双方的权益得到保障。其次，应尽量避免两个合同之间的直接财务关联，而是采用其他形式进行支付，例如在购买新电梯之前进行货物实际交付，或者签署授权书等方式进行支付。最后，应根据两个合同的条款，发展出一个完整的实施计划，确保双方及时和正确地完成付款，以及顺利完成整个工程。除此之外，公司还应充分考虑到外部法律法规的影响，确保公司及其他相关方的合法权益得到保障。