小规模纳税人税种认定咨询服务增值税税率为0.06，是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》和《税收征收管理办法》等规定确定的。 《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，小规模纳税人税种认定咨询服务属于收费服务，由发生收费行为的纳税人进行收费后，按照税率6%计征增值税。 同时，《税收征收管理办法》规定，在计算小规模纳税人税种认定咨询服务增值税时，应当按照实际征收率计算，其他的实际征收率应当按照6%的税率计算。 由此可见，小规模纳税人税种认定咨询服务增值税税率为0.06是按照法律法规和税收征收管理办法规定的，以保证小规模纳税人合法合规地提供服务，并减轻小规模纳税人税负。 拓展知识：许多国家都采取特殊税收减免政策来解决小规模纳税人税收负担问题，如减免增值税税率或免征一定范围的增值税，以利于小规模纳税人发展和稳定收入。