关于有限公司自然人股东转让股权印花税，简单来说，是股东个人缴纳的。转让股权印花税是按照认缴资本缴纳，即按照股东在公司中认缴的股份来缴纳转让股权印花税，在公司登记的股东个人按此认缴股份数量和认缴总额来计算印花税的税额。但除股东外，转让人也可另行缴纳印花税，双方按约定由谁负责缴纳的情况可自行约定，双方可以同时缴纳。 除了转让股权印花税外，在非上市公司股权转让过程中，通常还需要缴纳企业所得税和个人所得税，双方应按规定缴纳，以免被后续的税务机关查账引起诉讼。