是的，这样一来，会存在税务风险。由于资金流和发票流不一致，母子公司可能会遭受税务机关的审查。为了避免税务风险，母子公司在签订代收协议时应该清楚说明销售情况，使税务机关清楚子公司卖出商品，并且也能明确资金流向和发票流向，以便税务机关进行审查时能够更好地完成审核。此外，两公司也应该建立一套完善的记账凭证等资料，以备审查之用。