因为双方是独立注册的公司，不具备主从单位的关系。两个分店的税务处理都是根据独立注册的公司规则进行处理，首先要办理税务登记，根据登记时填写的税种，开展税务报销。准备好必要的票据和资料，相应的收入和支出扣除以及经营类别等，都要登记及核定，以便将来税务报销时出示和交代。 此外，还需要关注两个分店之间的税务处理，如货物的进项和销项发票，要求进入纳税范围的发票报销，以及服务提供方的结算方式的选择，都要做好税务处理，以防止出现违法或违规情况。 拓展知识：税务处理中，还可以进行税收优惠政策的申请，比如税收减免，减税等，以减轻企业的财务负担。