老板垫付给员工的工资，应当使用付款申请单进行处理。付款申请单是指一种财务凭证，用来证明对外支出的合法性和先有的合同，并作为批准外费申请和支付外费金额的依据。付款申请单是企业财务管理过程中必不可少的表格，它可以帮助企业严格控制成本。付款申请单由三部分组成：付款要求，付款原因，付款金额和支付方式，还有授权签字人等有关情况。它能够准确记录业务发生情况，防止出现财务漏洞，维护企业财务制度和财务公正性，有效防止财务损失。即使是老板垫付给员工的工资，也不能绕开付款申请单，而要使用付款申请单来证明该行为合法，从而保护企业和老板利益。