应当先尽量与客户进行协商，试图通过以人性化的方式，促成双方折中的与解，保证双方共同满意。如果协商不能达成一致意见，则应当请求第三方进行仲裁，请求仲裁员判决双方应了解的金额。如果各方都接受仲裁员的判决，则按照判决金额向客户支付款项。 以上是按照商业伦理和合同规定的相关程序处理收回的货款比开出去的金额少的情况。另外，为了避免此类情况的发生，可以尽量考虑将细节落实在约定的合同里，明确各方的责任和义务，以确保款项的及时到账。