是的，自然人电子税务局填员工工资是在扣除五险一金后的工资，然后系统会按照《个人所得税法》计算扣除个税的金额。个人所得税法规定，在个税的计算中，被扣缴的五险一金可以减免个税。系统会按照法律规定的标准将工资加入个税计算中，其中可以减免的险种有养老、失业、医疗保险，另外还有住房公积金和社会保险基金等。如果确定自身企业属于哪一类，那么系统就可以准确算出企业要缴纳的税金。拓展知识：个人所得税法主要是规定自然人在中国境内居住、从事工作、从事实质性营业活动或者从事其他任何形式以获取收入，并且根据这一收入应缴纳税款的，纳入全面税负责任制度，实施综合征税的法律。