企业应该在发现社保账户余额不足的情况下，及时补缴员工的社保。企业可以向当地的社保部门申请补缴，补缴的方式有以下几种： 1、现金：直接向社保部门存入相应的补缴金额，并附上补缴单据； 2、转账：可以向社保部门开具转账指令，将补缴金额转入社保账户； 3、票据：可以向银行开具票据，将补缴金额转入社保账户； 4、支票：可以向社保部门开具支票，将补缴金额转入其社保账户； 5、网上支付：可以通过社保部门统一的网上支付系统，将补缴金额转入社保账户； 补缴完成后，企业应及时将补缴的收据交给社保部门，并完成补缴手续。 此外，社会保险扣费是按照当地社保部门的规定执行的，所以在缴纳社保时，企业也要注意社保政策的相关规定，确保补缴满足当地社保部门相关要求。