是的，软件开发公司可以开工程服务的发票，根据《财政部、税务总局关于营业税改革有关政策的通知》（财税〔2015〕36号文），一般纳税人可以对提供服务的发票采用13%的税率，其中国家明确规定可以采用税率9%的服务有计算机信息系统集成服务、计算机软件开发服务、网络技术服务和技术服务等，软件开发服务就在其中，因此可以采用9%的税率开具发票。拓展知识：根据《财政部、税务总局关于支持实施电子发票的通知》（财税〔2018〕82号文件），从2018年10月1日起，在全国范围内推行电子发票，从而为纳税人提供更加便捷发票管理、发票使用服务。