当不同的会计科目余额表数据的逻辑关系不等时，首先需要检查每个科目的发生额及余额是否正确，如果发现数据不正确，应当迅速纠正。通常，不完善的系统会产生大量的重复工作，导致数据出现问题，所以可以考虑使用记账系统来自动处理账务，将会计人员从重复繁琐的工作中解脱出来，从而提高工作效率。另外，会计人员也可以定期检查科目余额表，以确保科目余额表数据的准确性和一致性。此外，可以改进会计系统，如提高账务处理的速度和准确性，进行账务审计，采用专业的财务报表格式等，以保证会计凭证的准确性和完整性，以及账户余额的准确性。