分公司申请将工程款从总公司转入分公司的申请书应由分公司项目部负责人撰写，并经分公司领导审核。申请书应包括：1）申请单位，申请人单位名称、联系人、联系电话等；2）资金来源，申请单位应明确注明所申请资金来源，包括工程款总公司签发；3）资金目的，申请单位应说明转账资金用途，且与项目用途相符；4）财务审核，需提供财务审核机构或专业机构出具的相关凭证；5）申请材料，应当提交转账资金的相关材料，如：资金拨付通知书、资金调拨单据等；6）申请人签名，申请书必须有申请人的签名，并在申请书的最后一页签名，表示已审核通过。拓展知识：进行资金转账时，尤其是大额金额转账时，应当谨慎操作，遵守财政管理有关规定，严格按照流程进行，以免出现风险。