增值税专用发票纸质的和系统里面不一致的情况，主要由于多种原因造成的，比如操作人员把系统里的发票号码填错了，还有可能是把发票提前打印成纸质的，但是后来发现有些信息错误，于是又把发票号码修改了，这种状况下，首先要确认到底是系统还是纸质的发票号码准确，如果是系统里的准确，那么应该及时把纸质的发票作废，重新做一张新发票，如果是纸质的准确，那么需要将系统里相应的发票信息进行修改才行。另外，在做发票的时候，还要注意检查条形码是否正确，因为增值税专用发票服务，和企业财务管理工作紧密相关，它是用来证明企业交税的主要凭据，所以，随着税收制度的改革和发展，要求企业对发票的管理越来越严格，一定要做准确的统计和报告工作，保证发票的完整性和正确性。