提单上是另外一家公司抬头对出口退税是有影响的，但并不会影响退税申请和审批的过程，只是会增加相关文件审核的难度，因为出口退税是指出口企业通过申请，向海关申请退税的流程，而出口企业的名称是特定的，与提单上的抬头企业不一致，可能会让海关稽查人员产生疑虑，所以，在出口货物和公司拼箱出去的时候，如果可以的话，尽量确保提单上的抬头与出口企业名称一致，这样可以提升出口退税审批的效率。另外，在申请退税的流程中，建议出口企业也需要按照实际情况填写相关垫款申请表格，让支付机构知晓货物是出口企业的。